Официальная дата основания головного учреждения Москвы по осуществлению организационных и практических мероприятий по выявлению, лечению и профилактике инфекций, передающихся половым путем, а также болезней кожи и решению проблем медицинской косметологии - 27 декабря 2011 года.
До 2011 года в течение многих десятилетий лечением пациентов, страдающих заболеваниями кожи и инфекциями, передаваемыми половым путем, в столице занимались обособленные клиники – кожно-венерологические диспансеры (КВД), представляющие собой самостоятельные юридические лица.
Функции КВД были ограничены оказанием рутинной лечебно-диагностической помощи и проведением профилактической работы без широкого представления высококвалифицированных медицинских услуг. Пациенты также были лишены помощи по таким востребованным направлениям дерматологии как трихология, подология, дерматокосметология, дерматоонкология, дерматохирургия, медицинская косметология.
Реорганизация дерматовенерологической службы позволила сосредоточить в МНПЦДК лучшие кадры, а за счет оптимизации руководящего и административного звена удалось сократить расходы на управленческий аппарат и получить значительную экономию бюджета.
Сегодня в Центре работают 5 Заслуженных врачей РФ, 20 докторов и 77 кандидатов наук, около 630 врачей и 525 человек среднего медицинского персонала (треть из которых имеют высшую квалификацию).Центр аккредитован Минздравом РФ для проведения клинических исследований в соответствии с международными стандартами GCP. И сегодня по своему кадровому, научному, методическому и материально-техническому потенциалу МНПЦДК прочно занимает место ведущего специализированного учреждения страны.